Synteettisesti johdettuja lannoitteita valmistetaan mineraaleista, ilman kaasuista ja epäorgaanisista jätemateriaaleista. Orgaanisista lähteistä johdetut lannoitteet saavat ravintonsa luonnollisista lähteistä, kuten mikrobeista, orgaanisesta jätteestä ja muista vastaavista materiaaleista.
Orgaanisten ja synteettisten lannoitteiden välillä on useita eroja. Ravinteiden lähteet vaihtelevat ja vapautuvat eri tavalla, mikä vaikuttaa siihen, kuinka usein jompaakumpaa on käytettävä. Myös hyödyt maaperään sekä huuhtoutumis- ja valumismahdollisuudet vaihtelevat.
